Работа по созданию комплекса для автоматизации управленческих процессов в образовательном учреждении началась в 1997 году. Первая коробочная версия (1.0) была выпущена в 2000 году (было множество промежуточных версий, которые обкатывались в различных школах Республики Беларусь, преимущественно в Минске и Гродно). Тогда комплекс назывался ПТК "Учебное заведение XXI". Это была однопользовательская локальная версия.
В 2001 году появилась обновленная версия для Республики Беларусь (1.5) и вышла версия с базой данных для Российской Федерации. На тот момент полная версия состояла из 3 частей: ИПС "Администрация" с сервисными программами, АС "Успеваемость" и АС "Расписание". В программу "Расписание" был включен модуль для экспорта данных в "ХроноГраф" и импорта из него готового расписания.
В 2002 году в 300 образовательных учреждений г.Москвы была поставлена доработанная версия комплекса, получившая название "ПараГраф-М". Программные изменения этой версии были направлены на то, чтобы упростить работу с комплексом. Эти измененя были внесенены с учетом просьб конкретных пользователей. Структура справочников базы данных была расширена, также были добавлены специальные дополнительные поля для возможности хранения произвольной информации (для организации некоторой свободы при отсутствии "Конструктора справочников"). Название "ПараГраф" закрепилось и используется по сегодняшний день.
Далее начались работы по созданию сетевой версии. В 2003 году была выпущена версия 2.0, предназначенная для работы в рамках единой информационной среды. Помимо того, что эта версия стала сетевой, она стала более функциональна.
В 2004 году был выпущен ПТК "ПараГраф: Колледж" - версия, адаптированная для учреждений системы ПТО (колледжей, ПТУ, техникумов).
В 2006 году разработан комплекс более высокого уровня "ПараГраф: Район", который обеспечивает работников районного отдела (управления) образования необходимыми данными об образовательных учреждениях района. Для ОУ, использующих ПТК "ПараГраф", процесс передачи данных автоматизирован. Дополнительно предоставляется web-интерфейс для ввода основных данных, а также для просмотра и анализа статистики через Internet.
Кроме того продолжается адаптация комплекса "ПараГраф" для различных учреждений образования. ПТК "ПараГраф: ДОУ" предназначен для автоматизации управленческих процессов в дошкольных образовательных учреждениях.
В 2016 году выпущена новая версия комплекса для Республики Беларусь(2.7), которая обеспечивает полную поддержку новых операционных систем семейства Windows, включая Windows 10.